___Front Mission 3 — это пошаговая стратегия, разбавленная сюжетными кинематографическими вставками. Игрок контролирует нескольких персонажей, сидящих внутри ванзеров (больших шагающих роботов). Ванзеры можно настраивать по своему усмотрению: менять им запчасти, давать разнообразное оружие, снаряжать предметами и т. д. Сражения между ванзерами происходят на импровизированной миниатюрной карте, условно разделённой на игровые поля (клетки). Игрок может выставить на бой максимум четырёх персонажей из своей команды, также он имеет право совершить первый ход. Юниты команды игрока и команды, управляемой искусственным интеллектом, совершают ходы по очереди, движутся навстречу друг к другу и вступают в сражение. На некоторых картах в стане игрока могут находиться союзные персонажи, которых, как правило, требуется защитить. К противнику, в свою очередь, могут подходить подкрепления, войска, которых изначально нет на карте. Цель каждой миссии — ликвидировать все вражеские единицы, для этого достаточно убить или заставить сдаться всех их пилотов. В некоторых миссиях победу можно одержать также выполнив специальное задание (дойти до определённого игрового поля, убить босса и т. п.).

___В перерывах между миссиями игрок попадает в так называемый «виртуальный гараж», где может сохраниться и подготовиться к следующему сражению. Виртуальный потому, что в некоторых сюжетных вставках доступ к настоящим гаражам попросту не возможен, а все функции при этом продолжают действовать. Сохраниться игрок может практически в любой момент игры, как в перерыве, так и во время сражения, что является весьма необычным явлением для PlayStation, ведь в большинстве игр этой платформы обычно приходиться искать редкие точки сохранения. Все персонажи имеют личные адреса электронной почты, могут получать сообщения от других персонажей и отправлять свои собственные. Эта система может быть использована игроком для выполнения различных побочных квестов и для более полного понимания сюжета. Для тех же целей в игру встроен ещё и импровизированный интернет, содержащий множество информационных страниц, собранных со всего игрового мира.

___События игры разворачиваются в 2112 году на планете Земля. Молодой японец Кадзуки Такемура работает пилотом-испытателем ванзеров в машиностроительной корпорации Киришима Индастриз. Его, вместе с лучшим другом Риого Кусамой, начальство отправляет в качестве курьера на военную базу города Йокосука, где по неизвестным причинам происходит страшной силы взрыв. На этом месте история дробится на две сюжетных линии.

Первая сюжетная линии (когда в начале игры Кадзуки отправляется на строительную площадку вместе с Риого), предполагает большинство миссий на стороне USN (Соединённых Штатов Нации). Кадзуки знакомится с учёным USN Эммой Кламски и почти на протяжении всей игры пытается найти и спасти свою пропавшую приёмную сестру Алису. В другой сюжетной ветви (когда Кадзуки отказывается идти с Риого на стройплощадку) большинство миссий проходит на стороне Народной Республики Да Хан Жонг (Китай, соединённый с Тайванем). Кадзуки встречает китайского секретного агента Рю Хей Фонга, который просит его помочь найти оружие массового поражения под названием «МИДАС». Алиса при этом на протяжении всей игры путешествует вместе с братом.

___Оба сценария достаточно ощутимо отличаются друг от друга, позволяют взглянуть на одни и те же политические события с разных сторон, по-разному раскрывают личности некоторых героев. Встречаются одинаковые карты, которые отправляют игрока за разные стороны баррикад. Например, в одной из историй совместно с партизанами требуется захватить передвижную крепость Тианлей, тогда как в другой её необходимо от этих самых партизан защитить.